Pada tahun 1959 atas inisiatif beberapa orang Indonesia dan America di Jakarta – didirikan suatu wadah yang disebut Lembaga Indonesia Amerika – yang kegiatan khususnya untuk bidang Pendidikan dan Kebudayaan. Sebagai fokusnya diadakan kursus Bahasa Inggris yang memang sangat diperlukan bagi masyarakat, khususnya di Jakarta pada waktu itu.  Atas bantuan dari US Embassy c.q. USIS maka diperbantukan seorang Direktur bangsa Amerika yang mengelola kursus Lembaga tersebut. Lembaga Indonesia Amerika ini sempat ditutup karena situasi Politik yang anti Amerika.  Setelah keadaan politik membaik, maka tahun 1968 LIA dibuka kembali dan sekaligus menambah kegiatan antara lain; karawitan, paduan suara dan sebagainya.  

Pada tahun 1979 diangkat Direktur Indonesia yang pertama Bapak Sujoto SuryodiPuro, kemudian Brigjen Nichlany Soedardjo.

Dalam perjalanannya dan atas aturan pemerintah, LIA kemudian menjadi PPIA dan Yayasan LIA, dengan pengurus rangkap tugas.

Pada tahun 1993, pengurus dipecah secara independent menjadi 2 (dua) dengan masing-masing kegiatan yaitu:  Yayasan LIA mengelola Pendidikan khususnya Bahasa Inggris dan bahsa-bahasa asing lainnya, sedangkan PPIA beraktivitas sebagai organisasi persahabatan yang nirlaba dan non politis dengan konsentrasi kegiatan di bidang Kemanusiaan, Olah-raga, Kesenian dan Ilmu Pengetahuan.

Setelah pemecahan Pengurus, barulah PPIA dapat lebih progresif mengadakan dan merancang program-programnya secara lebih terencana, dengan dukungan penuh dari yayasan LIA.

PPIA di bawah kepemimpinan Moetaryanto, seorang pengusaha yang pernah menjadi Chairman (Indonesia section) dari Asean-US Business Council – telah berhasil menggebrak dengan dikirimnya misi kebudayaan ke Amerika dengan membawa Tari-tarian dari daerah Jawa Tengah, Jawa Barat, Bali, Aceh, DKI Jakarta dan juga demonstrasi membuat wayang kulit serta membatik.

Dalam kunjungan yang dilakukan tahun 1996 dan 1997, tujuan utamanya mengikuti Festival Budaya di Boston yang diikuti oleh lebih dari 100 negara.  Kemudian dikunjungi juga kota-kota seperti Salt Lake City, Arkansas, Washington (yang diterima oleh Dubes Arifin Siregar waktu itu), dan memang yang menjadi focus kunjungan adalah awareness anak-anak sekolah maupun mahasiswa tentang negara dan rakyat Indonesia dan adanya budaya tinggi yang dimiliki. Mendahului misi kita ke Amerika, ada misi kebudayaan dari Vermont yang berkunjung ke Jakarta, Bandung, Jogja dan Bali.   

Untuk pertama kalinya dalam sejarah PPIA, Ketua PPIA yang pada saat itu adalah Bapak Moetaryanto, diundang untuk menghadiri pelantikan Presiden Amerika Serikat, Bill Clinton.